操作壓力的變化往往是故障的征兆。
A、沒有壓力顯示，沒有流動相流動：

     原因                                 解決方法
1、電源問題                             接通電源，開機
2、保險絲被燒壞                         更換保險絲
3、控制器設定不正確或設定失敗           采取恰當的設定、、修理或更換控制器
4、柱塞桿折斷                           更換柱塞桿
5、泵頭內有空氣                         溶劑脫氣、啟動泵抽出空氣
6、流動相不足                           補充流動相、更換入口濾頭
7、單向閥損壞                           更換單向閥
8、漏液                                  擰緊或更換手緊接頭

B、流動相流動正常，但沒有壓力顯示：
          原因                        解決方法
1、儀表損壞                             更換儀表
2、壓力傳感器損壞                       更換壓力傳感器

C、壓力持續偏高
          原因                           解決方法
1、流速設定過高                         調整流速設定
2、柱前篩板堵塞                         反沖色譜柱、更換篩板、更換色譜柱
3、流動相使用不當或緩沖鹽的結晶沉淀     使用恰當的流動相、沖洗柱塞桿。
4、色譜柱選擇不當                       選擇恰當的色譜柱
5、進樣閥損壞                           清洗或更換進樣閥
6、柱溫過低                             提高溫度
7、控制器失常                           修理或更換控制器
8、保護柱阻塞                           清洗或更換保護柱
9、在線過濾器阻塞                       清洗或更換在線過濾器

D、 壓力持續偏低：
           原因                            解決方法
1、流速設定過低                         調整流速
2、系統漏液                             確定漏液位置并維修
3、色譜柱選擇不當                       選擇恰當的色譜柱
4、柱溫過高                             降低溫度
5、控制器失常                           維修或更換控制器

E、 壓力波動：
          原因                             解決方法
1、泵中有氣體                            溶劑脫氣、從泵中除去氣體
2、單向閥損壞                            更換單向閥
3、泵密封損壞                            更換泵密封
4、脫氣不充分                            重新過濾一遍、溶劑脫氣
5、系統漏液                              確定漏液位置并維修
6、使用梯度洗脫                          由于流動相粘度的變化引起的壓力波動

 二） 漏  液
    通常可以通過擰緊或更換管路接頭來解決漏液的問題。但值得注意的是過份擰緊會導致金屬接頭的漏液和塑料接頭的磨損。如果通過稍微擰緊接頭不能解決漏液的問題，就必須將接頭取下，檢查是否損壞（例如，卡套損壞、密封表面有雜質）；損壞的接頭應該更換掉。
A）接頭處漏液
原 因 解決方法
1、接頭松動 擰緊
2、接頭磨損 更換
3、接頭過緊 擰松，再重新擰緊、更換
4、接頭被污染 拆下清洗、更換
5、部件不匹配 使用同一品牌的配件
B）泵漏液
原 因 解決方法
1、單向閥松動 擰緊單向閥（不必擰的過緊）、更換單向閥。
2、接頭松動 擰緊接頭（不必擰的過緊）
3、混合器密封損壞 更換混合器密封、更換混合器。
4、泵密封損壞 維修或更換泵密封件
5、壓力傳感器損壞 維修或更換壓力傳感器
6、脈沖阻尼器損壞 更換脈沖阻尼器
7、比例閥損壞 檢查隔膜，如果漏液立即更換、檢查手緊接頭，??壞的立即更換
8、放空閥的損壞 擰緊放空閥、更換放空閥
C）進樣閥漏液
原 因 解決方法
1、轉子密封損壞 重新安裝或更換進樣閥
2、定量環阻塞 更換定量環
3、進樣口密封松動 調整
4、進樣針頭尺寸不合適 使用恰當的進樣針
5、廢液管中產生虹吸 保持廢液管高于廢液液面
6、廢液管阻塞 更換或疏通廢液管
D）色譜柱漏液
原 因 解決方法
1、尾端接頭松動 擰緊接頭
2、卡套內有填料 拆下、清洗卡套、重新安裝
3、篩板厚度不合適 使用合適的篩板
E）檢測器漏液
原 因 解決方法
1、流通池墊片損壞 更換墊片、避免過大的背景壓力（壓力降）
2、流通池窗破碎 更換窗口
3、手緊接頭漏液 擰緊或更換
4、廢液管阻塞 更換廢液管
5、流通池阻塞 重新安裝或更換
 
三）譜圖問題
    液相色譜系統的許多問題都能在譜圖上反映出來。其中有一些問題可以通過改變設備參數得到解決；對于色譜柱和流動相的正確選擇是得到好的色譜圖的關鍵。
A）峰拖尾
原 因 解決方法
1、篩板阻塞 反沖色譜柱、更換進口篩板、更換色譜柱
2、色譜柱塌陷 填充填料至色譜柱中
3、干擾峰 改變流動相或更換色譜柱
4、流動相PH選擇錯誤 調整PH值，一般在3-7
5、樣品與填料表面的溶化點發生反應 加入離子對或堿性修飾劑、更改色譜柱
6、柱外效應 調整系統連接（使用更短、內徑更小的管路）使用小體積的流通池
7、二級保留效應，反相模式 加入三乙胺（堿性樣品）、加入乙酸（或酸性樣品）、加入鹽緩沖劑（離子化樣品）換柱
8、緩沖液不合適 使用濃度20-100mM的緩沖液、使用Pka等于流動相PH值的緩沖液
B）峰前延
原 因 解決方法
1、柱溫低 升高柱溫，一般為25-40度，不得超過60度
2、樣品溶劑選擇不恰當 使用流動相作為樣品溶劑
3、樣品過載 降低樣品含量
4、色譜柱損壞 更換新柱
C）峰分叉
原 因 解決方法
1、分析柱污染 可能是柱子污染，再生；入口可能被阻塞，拆下來清洗必要時更換色譜柱。
2、樣品溶劑不溶于流動相 采取流動相作為樣品溶劑。